Το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας του Ιδρύματος έχει ως βασικό στόχο τη βελτιστοποίηση των εκπαιδευτικών και διοικητικών του διαδικασιών καθώς και τη κανονιστική συμμόρφωση του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας με τους νόμους του κράτους. Λαμβάνει υπόψη του τις διεθνείς εξελίξεις σε επίπεδο οργανωσιακής διακυβέρνησης και συνεχώς ανανεώνεται σε όφελος των φοιτητών, των διδασκόντων και των εργαζομένων εδώ.